먼저 서버 스크립트 언어와 클라이언트 스크립트 언어를 이해해야 할 것 같네요.

서버 스크립트란 서버상에서 해석되는 언어로 php가 그 예입니다. 그리고 javascript나 html은 클라이언트에서 해석하는 언어입니다. 즉 브라우져에서 해석하는 거구요. 따라서 php와 javascript는 서로 같이 공존하지 못합니다. php가 서버상에서 먼저 해석되어 클라이언트 브라우져로 보내지기 때문입니다.

예로 위에서 언급한 <script type="text/javascript" src="<?=BASE_URL?>/application/assets/js/JQuery.js"></script> 이 코드는 먼저 서버상에서 <?=BASE_URL?>이 해석된채로 클라이언트 브라우져로 보내집니다. 만일 BASE_URL 값이 http://localhost라고 한다면 브라우져에서 받는 코드는 <script type="text/javascript" src="http://localhost/application/assets/js/JQuery.js"></script> 이렇게 받게 됩니다. 그럼 그 코드를 브라우져에서 해석해서 우리가 볼 수 있는 화면으로 띄워주는 겁니다.

간단하게 하자면

js안에 넣을수는 없습니다. 다만 아래처럼 php 파일로 include 후 사용하시면 될듯합니다.

<script> 
<?php 
include_once BASE_URL.''/application/assets/js/JQuery.php";
?>
</script>

이것도 너무 그렇타 하신다면 file_get_contents 로 js 파일을 읽어드려와서 후처리후 js형식으로 리턴 받는 ph 파일 만드셔서 기존 js 사용법처럼 사용하셔도 될듯합니다.

자바스크립트 안에서 

var type = "<?php echo $var?>";